微流控芯片鍵合方法主要有三種：熱鍵合、陽極鍵合、低溫鍵合。

無論采用何種鍵合方式，基片在鍵合前均需進行嚴格的清洗。原因：刻蝕后玻璃基片表面會殘留較多的有機物和無機顆粒、塵埃等，直接造成表面的平整出現不均勻，粗糙度不一致，在鍵合時導致結合界面產生衍射紋，不能緊密貼合而導致鍵合失敗。因此，芯片鍵合能否成功的關鍵在于芯片表面的潔凈度和平整度。

針對玻璃表面存在的物質，清洗試劑也不同。有機試劑如甲醇、乙醇和丙醇等用來清除表面的光膠殘余和碎玻璃，超純水用來沖走表面的塵埃和其他試劑，硫酸類氧化性酸或H₂O₂用來去除表面的有機物等。

一、熱鍵合

     熱鍵合是玻璃芯片鍵合中最常用的一種方法。含二氧化硅材料之間的熱鍵合也稱為硅熔鍵合。將貼合在一起的基片放在高溫爐中加熱到100—1000℃后退火，界面上發生化學反應，使兩塊基片牢固地鍵合在一起。

玻璃和石英材料的微流控芯片一般使用熱鍵合方法封合。

熱鍵合的缺點在于不能用于裝有溫度敏感試劑、電極和波導管的芯片，也不能用于不同熱膨脹系數材料的封接；可能發生的通道變形，甚至塌陷的現象，成品率低。

二、陽極鍵合

     陽極鍵合是一種比較簡單而有效的永久性封接玻璃片和硅片的鍵合方法，首先被用于含鈉玻璃片和硅片的鍵合。在玻璃片和硅片上施加500~1500V高壓，玻璃片接負極，硅片接正極，當溫度升高到200~500℃時，玻璃片中鈉離子從玻璃-硅界面向陰極移動，在界面的玻璃一側產生負電荷，硅片一側形成正電荷，正負電荷通過靜電引力結合在一起，促使玻璃片和硅片間的化學鍵合。

在玻璃表面沉積上一層薄膜材料如多晶硅、氮化硅等作為中間層，在約700V的電場下，升溫到400℃時，可使兩塊玻璃片結合。

實驗中使用普通的3mm厚的平板玻璃，不加電場時，620℃烘烤半小時，可使玻璃軟化并融合在一起。500℃時，500—760伏電場下，可使其鍵合。

三、低溫鍵合

    低溫鍵合是相對高溫鍵合而言的，通常指在100℃以下甚至溫室下進行的芯片鍵合。因為高溫鍵合存在種種不利因素，促使許多研究人員開始進行玻璃芯片低溫或溫室鍵合技術的研究。