微流控芯片包括三層結構。底部為玻璃基片，中間為模板層，最上一層為PDMS層，內附微通道。微流道尺寸為4.5cm×100μm×45μm(長×寬×高)。而中間層的模板層實際上是含光全通濾波器的金屬層。本圖層的詳細信息如圖所示，模板層為長方形結構，其中心包含四個透明梯形結構作為光全通濾波器。梯形層的兩個底邊分別是50μm和100μm，梯形的高度與微通道寬度一致，在100μm之間有50μm的距離。

用反射器把激光直接照射在模板上。只有這四個透明梯形區域的模板區域可以讓激光通過。在沿圖示方向(靠近微流體通道的一面通道壁)流過光探測區時，其散射光信號被編碼為時域脈沖波。圖中給出了理論波形。可見，脈沖P1和P2的寬寬比可以獲得顆粒在x軸方向上的位置信息。根據光探測區域的長度、粒子流經的時間，可以計算出粒子的速度信息。用顆粒流速值和直管微通道內流體速度的拋物線分布特征，可進一步推導顆粒在y軸方向上的分布位置。這樣就能獲得微細流體通道中顆粒的空間位置信息。

制模區域的制作實際上是在玻璃基底上制作金屬層。這一過程必須在潔凈室進行。

其主要步驟與PDMS微通道的制作工藝非常相似，但稍有不同。

首先，利用計算機繪圖軟件畫出模板區域設計圖，然后將設計轉換成光刻掩模。

步驟二，清洗玻璃基片，然后在玻璃基片上進行敷膠、預烘焙、曝光、烘烤、顯影等一系列操作。最終獲得如圖所示附有固化光膠的玻璃襯底。

步驟三，將玻璃基片放入Sputter薄膜沉積系統或E-beam蒸發鍍膜系統中，按照儀器操作流程，制造金屬層。因為鈦金屬與玻璃的結合比較緊密。因此金屬層一般由兩層組成，第一層是鈦金屬，大約20nm，作為接合層。另一層是黃金或銅，約200納米。從圖片中可以看到。

步驟四，取出已沉積金屬的玻璃基底，用甲醇清洗干凈，去掉多余的部分，就可以得到所需的模板。從圖片中可以看到。

這一生產過程被稱為Lift-off(Lift-off)。需要注意的是，這里與PDMS制圖層不同，在于這里使用的是負光膠NR9-1500，顯影后，這種負光膠可以在高緣處形成斜邊，非常適合于剝離工藝。

圖上，芯片PDMS層只需兩個通孔。一種是樣本流入口，一種是樣本流出。因為在最初的設計中并未考慮鞘液流動對焦。為比較慣性力聚焦與鞘液流對焦的不同，我們同時制備了具有鞘液聚焦功能的微流控芯片。