微流控芯片是目前微全分析技術的研究熱點。微流控芯片分析技術是一門以芯片為實驗平臺，以分析化學作為基礎，依托于微機電加工技術，結合微管道網絡作為結構特征，將生命科學為主要應用對象的一種分析科學。微流控分析芯片最早在美國被稱為“芯片實驗室”，在歐洲則被稱為“微整合分析芯片”，近年來，伴隨著材料科學、微納米加工技術和微電子的發展，微流控分析芯片也進行了快速式發展。

微流控芯片的優點有：體積輕巧、樣品和試劑用量少，反應迅速、大量平行處理及可拋棄式等。因此被廣泛應用于生物技術研究的諸多方面，這其中也包括今天要說的細菌檢測。

研究表明，用微流控芯片技術檢測食源性致病菌敏感度高。陳炯等利用微流控芯片技術檢測食物中的致性菌群，可以同時檢測出4種食品中常見的致性菌群，即霍亂弧菌、沙門氏菌、志賀氏菌和副溶血性弧菌。此方法對霍亂弧菌、沙門氏菌、志賀氏菌、副溶性弧菌分別達到100%、96.7%、100%，對4種菌株均具有較好的檢測效果。

國外有人研制出一種蛋白質芯片，可用于篩選和鑒定沙門氏菌、大腸桿菌屬、葡萄球菌屬、彎曲桿菌屬和李斯特菌屬5種食品中的常見細菌。本發明的芯片對5種常見的致性有良好的識別能力。但是，Rwal等針對5種細菌的10種PCR檢測方法整合到微流控芯片中，發現微流控芯片中PCR的檢出率比PCR的檢出率低10倍。

微流程芯片技術是一種靈敏度高，特異性強的臨床細菌檢測技術，除了相對節省時間外，每一個樣品的成本都比傳統方法要低，其中包括對處理微流程芯片的特殊設備以及用于存儲微流程芯片試劑的冰箱/冷凍室的要求。國外研究人員研究了用微流控芯片檢測軍人運動期間急性腹瀉的原因，結果發現與實時病原熒光PCR法檢測的結果一致。

李一偉提出了一種快速細菌檢測方法，以瓊脂糖微流控芯片為載體，將幾百微升的樣品富集到幾升的表皮升中，捕捉效率達90%。根據細菌密度計算出富集倍數，其最大值可達1000萬倍。尿樣品和尿樣品均可富集于瓊脂糖微流動芯片中。最終結合熒光免疫染色，成功地檢測了患者的血樣中的葡萄球菌感染。

       微流體芯片在細菌抗藥性檢測中也起著重要作用。中國學者李一偉為此建立了一個可定制的濃度梯度芯片，應用于高通量的單細胞多藥耐受性分析。在此基礎上，采用分配通道長度比來確定芯片形成的濃度梯度，從而保證了濃度梯度形成的穩定性，簡化了芯片設計，便于集成化。這種芯片能分析單細胞乃至單細胞器中數百個細胞的多藥耐藥性，能實時監控單細胞耐藥性。王歡將環形介導的等溫擴增技術與紙片微流控芯片相結合，成功構建了一種快速、簡便的檢測耐亞胺培南銅綠假單胞菌OprL和OprD2基因的方法。對OprL和OprD2基因的早期識別，將有助于更好地選擇抗菌素療法的治療方案。