LIF方法雖然可以在分子水平上提供靈敏度，但是這種系統對微流控器件來說過于龐大，從而削弱了器件微型化所帶來的好處。電化學檢測是解決這一問題的好辦法。在微芯片上加工電極后，靈敏度大大提高，同時大大縮短了反應時間。

利用該器件在神經遞質分離電化學檢測應用中的成功應用，將DNA分析微流控芯片集成到電化學檢測系統中，以減少在分離通道上添加的高壓電場的影響，在此采用了后柱探測的模式，通過這種方法，對中X174HaeIII中的限制酶降解物進行了檢測，并以此非直接的方式，對中X174HaeIII限酶降解物進行了檢測，檢測精度可達28zmol}'Z]oGavin和Ewing為在微通道內進行連續電泳分離的一種應用，該結構由在微通道出口處的5Wn的空間(95Nin寬，1.2-2mm長，0.2Nm高)內放置100個鉑微電極陣列組成，利用該器件在神經遞質分離電化學檢測中由微通道出口處的5Wn的空間(95Nin寬，1.2-2mm長，0.2Nm高)內放置100個鉑微電極陣列組成，利用該器件在神經遞質分離電化學檢測中的應用取得成功。

在分析化學中，質譜是一種非常有用的工具，用于分離、檢測和確定多個成分，如多面體、核酸等。利用一系列微型電子噴射裝置，可成功地將樣品注入質譜到毛細管電泳中，最近，微流體芯片還可與電子噴射/質譜聯用，無需任何電泳分離就能將樣品注入質譜，而且可將多種樣品放置在微流控器件上，用于自動分析。近來有報道說，氣動噴霧器能產生穩定的電子噴射頭，使電子噴射頭的加工與集成變得更加復雜，而且整個器件的加工只需一步之遙。現已研制出用于蛋白質質譜分析的微流體控制系統，其樣品流、數據分析均由計算機控制，外加高電壓，產生電滲流，使液體流進入質譜，在整個過程中不會發生電泳分離。

在微流控芯片中應用的其它方法有萊曼光譜、全息反射檢測法、付利葉變換光譜法等。采用Leman光譜法對微流控芯片進行快速電泳分離，采用2w,532nmNdYV04的激光光源產生萊曼光譜，數據采集速度為2-5cm-1/s，分辨率為8cm-1，樣品濃度為10-5-10M。本文設計了一種微流體毛細管電泳芯片的全息反射鏡，其檢測結果并不令人滿意，但這一方法有可能成為一種通用的檢測方法。