在最初將焦點放在硅材料之后，玻璃成為構建微流控芯片的材料選擇。玻璃是一種非晶材料，光學透明且電絕緣性能好。該材料通常用標準光刻或濕法/干法刻蝕進行處理。除非采用特殊的刻蝕技術，否則刻蝕的玻璃通道將擁有圓形側壁。

玻璃與硅都具有上述提到的在微流控實驗中的優點。但是，玻璃也有其獨特的優勢：

* 明確的表面化學性質

* 卓越的透光性

* 優越的耐高壓性

* 生物相容性

* 化學惰性

* 允許高效涂層

* 玻璃與大多數生物樣品相兼容

玻璃微流控芯片不透氣，并且具有相對低的非特異性吸附。因此它與生物樣品相兼容，但是不能用于長期細胞培養。

玻璃微流控芯片的一大主要應用是毛細管電泳（capillary Electrophoresis, CE）。這種更便宜的方法比標準毛細管電泳更方便，因為它更容易執行并行分析，它還可以通過直接利用電滲透流提供無閥注射，在幾分鐘內分離分析物。

其他典型應用包括片上反應液滴形成、溶液萃取和原位制造。

上述優點使其成為許多應用的首選材料。這種材料的主要障礙仍是其硬度和相對較高的成本，即使價格已經大幅下降。以上限制因素是開發可替代低成本芯片材料的根源，最終目的是可以更容易地進行制造并與更廣泛的生物應用相兼容。

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