1.背景熒光

芯片材料的背景熒光是影響芯片檢測限的重要因素，而聚合物材料成分復雜，所以在挑選加工芯片的聚合物材料時應首先考察其背景熒光特性．國內某科研組通過對Pyrex 玻璃，石英玻璃，鈉鈣玻璃，PDMS，COP以及PMMA等諸多芯片加工材料的測試，我們發現，PMMA具有與石英玻璃、Pyrex玻璃相當的低于其他材料的背景熒光，同時與PDMS相比具有更短的光漂白時間和更穩定的背景熒光波動．這些優良的特性表明，我們的芯片所采用的PMMA材料比傳統的芯片材料更適于高性能熒光標記的DNA分型檢測。同時，我們還發現，不同廠商生產的PMMA 材料的背景熒光特性存在差異，所以在選擇PMMA芯片加工之前需要仔細選取低背景熒光的材料。

2.檢測限

國內某科研組使用40 pmol/L Cy5-dCTP和200pmol/L Cy3-dCTP 的混合水溶液測定Cy5和JOE通道的檢測限，得到Cy5-dCTP 和 Cy3-dCTP的信噪比分別為30和21。若以信噪比大于3作為有效信號的判斷標準，則Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的實際檢測限可分別低至 4 pmol/L 和 30 pmol/L。使用同一檢測系統在 PDMS 和石英片貼合芯片上分析相同的 40 pmol/L Cy5-dCTP 時信噪比為 7，可以看出 PMMA 材料制作的芯片具有更高的檢測限。

3.重現性

國內某科研組分別計算溶于水和0.5伊TBE緩沖液的 Cy5-dCTP 和 Cy3-dCTP 連續進樣后遷移時間和峰高的標準偏差，用以表征PMMA芯片的重現性。溶于水的樣品具有明顯的場放大效應，峰高隨進樣次數的增加明顯降低。而溶于緩沖液的樣品表現出更 好的峰高重現性。當將Cy3通道的Cy3-dCTP 信號作為內標歸一化Cy5通道的Cy5-dCTP 信號后，溶于水和緩沖液的樣品均獲得了良好的峰高和遷移時間重現性。此結果表明在PMMA 芯片上可以通過不同熒光標記的等位基因分型標準物，歸一化實際樣品并得到精確的基因分型結果。

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