在單細胞研究領域，利用微流控系統分離單細胞，并作為反應容器制備單細胞NGS文庫的方法近年來得到了越來越多的關注。如今，有代表性方法有液滴式微流控和芯片式微流控。這兩種方法采用的裝置有很大差異，但它們的共性是將細胞分離到納升級的微小容器中，以此提高單細胞制備效率，同時降低反應成本。

液滴式微流控

液滴式微流控裝置的工作原理是讓懸浮的單細胞依其次通過一個超聲裝置，利用聲波將含有細胞的水相液體連續分離為單獨的微小液滴，并用表面活性劑處理以防液滴融合，最終收集到油相載液中統一反應。液滴式微流控裝置具有高通量的特性，此法可以批量制備上百萬的液滴。以此為基礎，并聯兩個相同的裝置可以使不同液滴兩兩融合，可在反應過程中逐級添加試劑，還可在制備流程中加入光篩，以流式細胞儀的原理自動剔除不含細胞的液滴，并富集具有共同表達特征的細胞。

由于微滴式流控系統有以上優點，已有公司正在嘗試將其用于單細胞測序文庫的制備。但是，在商業化的道路上仍有一些困難需要克服。以單細胞RNA-Seq文庫的制備為例，其反應流程包括裂解－逆轉錄－擴增三步，每步都需要加入新試劑以改變反應體系。但用表面活性劑處理過的液滴再融合的效率不高。其次，各個步驟的反應體系互相干擾，而現今還沒有低損純化單細胞級微量核酸的良策，我們就只能通過大幅稀釋前一反應體系來保證下一步的效率。這樣一來，每個步驟都會使得液滴體積增加，這可能對液滴的制備和形態維持帶來一定困難。最后，現有設備很難精確控制液滴體積，樣本間偏差可高達30－40％，導致反應效率不均，可能會最終影響數據的解讀。

芯片式微流控

相較液滴式微流控，芯片式微流控的相關技術已經成熟，相關文獻不勝枚舉，也有一批公司正在進行商業化嘗試，比如蘇州汶顥微流控、上海文昌芯片等。集成化微流控芯片在滿足實驗通量需求、降低單位反應成本的同時，還能夠利用細胞的物理（聲、光、電、體積等）或生物學性質（抗原）實現分選。此外，使用光刻工藝制造出來的反應室可以達到很高的精度，消除了液滴式微流控系統中反應容器體積不均一帶來的弊端。